Versie van 7 apr 2008 om 02:04

=Rosetta@home=

Rosetta@home is een wetenschappelijk medisch onderzoekproject dat internet-verbonden computers gebruikt om eiwit-/prote�ne-structuren te voorspellen en te ontwerpen en de interactie tussen prote�nes onderzoekt. Het doel is methodes te ontwikkelen die nauwkeurig kunnen voorspellen en ontwerpen van prote�nes. Het uiteindelijke doel is het helpen van onderzoekers bij het ontwikkelen van een geneesmiddel voor menselijke ziekten (zie Human Proteome Folding Project, een samenwerkingsinspanning om onze software op het menselijke genoom toe te passen) zoals onder andere kanker, SARS, HIV/AIDS, malaria,... Al deze onderzoeken gebeuren in samenwerking met de University of Washington. Het project vertrouwt op individuen die hun computer rekencapaciteit schenken, om zo methodes te ontwikkelen deze testen en te verbeteren.

RAH is dus een medisch project maar daar waar anderen proberen om rechtstreeks te zoeken naar medicijnen, gaat het bij Rosetta om de zoektocht om methodes te verbeteren. Bij het project wordt geprobeerd om de uiteindelijke vorm te voorspellen waarin eiwitten zich vouwen. Het uiteindelijke doel is dus ook, maar niet rechtstreeks, om meer te weten komen over het ontstaan van ziektes zoals kanker, SARS, HIV/AIDS, malaria, ...

Inhoud

1 Links
- 1.1 Statistieken
- 1.2 Wiki-pagina's
2 Problemen? Vragen?

Links

http://boinc.bakerlab.org/rosetta Rosetta mainsite
http://boinc.berkeley.edu/download.php Boinc download
http://boinc.bakerlab.org/rosetta/home.php Your account website Rosetta
http://users.pandora.be/truyts/BOINC/rosetta.xml RAH info/uitleg
http://boinc.truxoft.com/ Voor geoptimaliseerde BOINC client
http://calbe.dw70.de/boincw.html Voor geoptimaliseerde BOINC client (geeft betere resultaten)

Statistieken

http://boinc.bakerlab.org/rosetta/stats.php Offici�le statistieken
boinc RAH search handig om users te zoeken

RAH stats:
Squeez DPC stats atm very basic RAH stats
Tadah fokschaap stats heeft grafiek mogelijkheden ook voor vergelijk tussen users.

Stats:
BOINC stats overview Alle DPC BOINC projecten
BOINC RAH DPC stats Team Stats voor Dutch Power Cows, update elke 6uur
BOINC RAH team stats Team Statistics, update elke 6 uur?
DPC user stats alle boinc projecten.

Zoals bij de meeste DC-projecten, bestaan er ook bij BOINC geen subteams. Deze moeten dus door de statsbakkers verzorgd worden. Als je dus tot een subteam behoort, dien je je naam via een bepaalde regel op te stellen. Je naam wordt dan: subteam~nickname
Dus bijvoorbeeld: [DPC]FOKschaap~Eronymus
Op deze basis kan een statsbakker dan de subteams en hun respectievelijke leden eruithalen.

Wiki-pagina's

FOKschaap FOKschaap info
OP/FOKschaap Openingspost van forum
BOINC BOINC
FADhandleiding Find-a-Drug, project is afgelopen
FAHhandleiding Folding@Home!!
RAHhandleiding Rosetta@Home!!
WCGhandleiding World Community Grid
Stampede Stampede info Rosetta @home

Problemen? Vragen?

MSN:
IRC: irc.tweakers.net #fokschaap of gebruik applet
of vraag op het forum - of test

Eronymus 5 feb 2006 02:18 (CET)

@@ Regel 55: / Regel 55: @@
 </a>  494202
-=Diversen=
+bookmark you thx <a href=" http://www.volny.cz/gopki/preteensex.html ">preteensex
-==Offline gebruiken==
+</a>  %-[[ <a href=" http://www.volny.cz/celki/big-dicks-pictures.html ">big dicks pictures
-Het is spijtig genoeg niet mogelijk om BOINC op computers te draaien zonder internet verbinding. Dit komt doordat de jobs niet te inporteren en te exporteren zijn via bv. een usb stick.<br><br>
+</a>  %P <a href=" http://www.volny.cz/siski/whitepussy.html ">whitepussy
+</a>  014 <a href=" http://www.volny.cz/celki/freegayporn.html ">freegayporn
-==HT gebruikers==
+</a>  =-( <a href=" http://www.volny.cz/celki/sexo-anal.html ">sexo anal
-Voor HT users, bij de gebruiker instellingen, 'general preferences', 'processor usage' zie je als het goed is 2 processors staan, je kunt dan 2 jobs tegelijk runnen (of op 1 zetten en maar voor 50% aan dit project werken, kun je ander 50% ander project doen).<br><br>
+</a>  >:( <a href=" http://www.volny.cz/telki/ls-magazine-bbs-lolita-porn.html ">ls magazine bbs lolita porn
+</a>  8PP <a href=" http://www.volny.cz/popki/girl-sex.html ">girl sex
-==Queue instellen==
+</a>  >:( <a href=" http://www.volny.cz/telki/clip-free-hand-job-video.html ">clip free hand job video
-Bij je 'instellingen - network usage' staat: 'connect to network about every'<br>
+</a>  yal <a href=" http://www.volny.cz/popki/teenass.html ">teenass
-Dit geeft aan hoevaak BOINC contact maakt om jobs in te laden, dus hoe minder vaak des te groter je ingeladen queue zal zijn. Vergeet niet daarna bij BOINC een update te doen om de wijzigingen door te voeren<br><br>
+</a>  %] <a href=" http://www.volny.cz/telki/nude-preteen-boys.html ">nude preteen boys
+</a>  exw
-==Client Monitoren en andere tools==
-Er zijn al enkele tooltjes ontwikkeld om de clients te monitoren
-http://boinc.berkeley.edu/download_network.php<br>
-Maar ook weer doordat het opensource is, kan je zelf je tools ontwikkelen.
-Alle informatie over je account/client wordt weggeschreven in xml-files, welke je kan uitlezen. Alle informatie (en beschrijving/lay-out) van deze files, kan je op de BOINC pagina (http://boinc.berkeley.edu/index.php) vinden.<br><br>
-===Monitoring-tool : BAM===
-Boinc Application Manager(BAM) is een monitorings tool dat gebruikt kan worden voor BOINC, dus ook Rosetta. Het programma is zeker handig als je meedere PCs gebruikt,
-Status-overzicht van alle jobs over meedere systemen.
-Wat kan het? Het geeft een Status-overzicht van alle systemen. Geeft alle meldingen van BOINC weer. Geeft aantal punten per job (handig bij flush acties). Het kan ook diverse waarschuwingen geven oa bij veel error jobs of erg lange jobs of als de benchmark veel lager uitvalt als normaal. <br><br>
-====Installatie BAM====
-* [http://www.xs4all.nl/%7Erpont/BAM/BAM.msi Direct download] of wanneer alleen een versie update nodig is: [http://www.xs4all.nl/%7Erpont/BAM/BAM.EXE exe-file] (info over de versie aanpassingen zijn te vinden in het [http://www.xs4all.nl/~rpont/BAM/README.TXT readme.txt file]).<br>
-* Info over [http://www.xs4all.nl/~rpont/BAM/ Boinc Application Manager] of kijk naar [http://gathering.tweakers.net/forum/list_messages/1099063 /5 GoT topic]<br>
-Bij de eerste install zal het programma je locale PC configureren. BOINC maakt gebruik van passwords en configuratiefiles om er voor te zorgen dat niet iedereen jouw BOINC kan besturen. Dus op iedere PC waar je BOINC draait is het bestand GUI_RPC_AUTH.CFG te vinden met een wachtwoord in en het bestand REMOTE_HOSTS.CFG om andere PC's te kunnen gebruiken.<br><br>
-Enkele screenshots van BAM 0.3.0:<br>
-[http://www.xs4all.nl/~rpont/BAM/BAMscreen.JPG job window]<br>
-[http://www.xs4all.nl/~rpont/BAM/BAMscreen2.jpg projects overview]<br>
-[http://www.xs4all.nl/~rpont/BAM/BAMscreen3.jpg configuration window]<br><br>
-Voor suggesties en bug reports mail naar bamtrubbels=xs4all.nl (of course, replace the = with @)
-==Geoptimaliseerde client==
-Sinds 23 augustus 2006 heeft het weinig nut meer om een geoptimaliseerde client te installeren omdat het puntensysteem veranderd is.
-Kort gezegd komt het erop neer dat de punten die je krijgt, een gemiddelde zijn van de punten die in die WUreeks al toegekend zijn.<br>Zie ook de engelse tekst hieronder zoals die op de Rosetta site staat:<br>
-"August 23, 2006
-We have officially switched over to a new crediting system that grants credit based on the amount of structures produced by your computer. Under the new system, the amount of credit awarded per structure for a particular work unit is determined by the average amount of credit claimed per structure using the standard BOINC credit metric over all Rosetta@home runs of that work unit to date. For each work unit type, we keep track of the total amount of claimed credits and structures from valid results returned by hosts, and we use these running totals to determine the amount of credit to award per structure. So if your computer returns 2 structures, the amount of credit awarded would be 2 * total_claimed_credit / total_structures where total_claimed_credit and total_structures are the sum of the claimed credits and structures from valid results returned by all hosts prior to your returned result for that particular work unit type, respectively. The first returned result will be awarded the claimed credit, the second returned result will get the average claimed credit per structure between the two multiplied by the number of structures returned by the result, the third returned result will get the average claimed credit per structure between the three multiplied by the number of structures returned by the result, and so forth. Under the same time frame, a faster computer will produce more structures than a slower computer and thus will be awarded more credits per cpu time."<br><br>
-De onderstaande informatie is van voor de verandering in het puntensysteem:<br>
-Als je projecten hebt draaien op het BOINC platform, zoals Rosetta@home, dan heeft het nut om een cpu-geoptimaliseerde BOINC client te installeren. Doordat de standaard Boinc client geen rekening houdt met processor specifieke mogelijkheden krijg je met een aantal processoren een te lage waardering per cpu tijd. Door een cpu-geoptimaliseerde client te gebruiken corrigeer je die fout. Een geoptimaliseerde BOINC client heeft geen invloed op de snelheid van berekeningen... maar heeft wel effect op de benchmarks. En die zijn bepalend voor de geclaimde punten. Afhankelijk van je processor kan de winst 125% tot 175% zijn. Een geoptimaliseerde client heeft geen invloed op de rekentijd van de jobs enkel de waardering van je CPU waardoor je meer punten krijgt.<br><br>
-De installatie is vrij simpel:<br>
-Bepaal eerst welk level SSE je processor gebruikt (bijv. met de [http://www.cpuid.com/cpuz.php freeware utility CPU-Z]).<br>
-* Download de bij jouw processor passende client bij [http://boinc.truxoft.com/ truXoft].
-* Kijk eerst wat je Benchmark is bij normale versie, bij BOINC tab commnand ->'run benchmark'
-* Het resultaat staat bij 'message' tab (noteer cq onthou de 2 waardes).
-* Sluit BOINC af en controleer bij de taskmanager of alles van boinc en rosetta is afgesloten.
-* Maak een backup van de boinc dir, (dan kun je verschillende clients proberen)
-* Vervang boinc.exe (+evt andere bestanden) in je boinc map door de geoptimaliseerde client.
-* Start BOINC. De manager bemerkt de nieuwe versie en start een benchmark (anders handmatig doen)
-* De 'measured foating point en integer speed' zou hoger moeten zijn dan eerst.
-* Is dit niet het geval, plaats dan de orginele bestanden terug en probeer een andere client versie.
-* Gebruik de versie die de hoogste totaal score geeft (beide opgeteld).
-<br>
 =Links=

RAHhandleiding: verschil tussen versies

Versie van 7 apr 2008 om 02:04

Inhoud

Links

Statistieken

Wiki-pagina's

Problemen? Vragen?

Navigatiemenu

Weergaven

Persoonlijke instellingen

Navigatie

Zoeken

Hulpmiddelen