FAHhandleiding

Folding@Home

Het doel van Folding@Home is het simuleren van hoe eiwitten folden, misfolden, aggregatie van eiwitten en de hieraan gerelateerde problemen.Het doel is meer te weten komen over eiwitten. Voornamelijk over wat ze doen en hoe ze vouwen(folden). Eiwitten zijn de werkpaarden van het lichaam, maar voordat ze kunnen werken moeten ze zich op een bepaalde manier rangschikken, het zogenaamde ordenen, folden. Dit folden is fundamenteel voor alle biologische wezens, maar als kennis voor de mens eigenlijk bijna een compleet mysterie. Dit folden gebeurt constant in het lichaam, maar het gebeurt wel eens dat dit misgaat, het zogenaamde misfolden. Soms is er niks aan de hand als dat gebeurt maar het kan ook gebeuren dat, dat wel zo is. Een aantal ziektes zijn gerelateerd aan dit misfolden, bijvoorbeeld Alzheimer's, BSE(mad cow) , CJD(Creuzfeld Jacobs Disease), ALS en Parkinson's.

Client

Er zijn clients voor Windows, Linux, MacOSX en met aanpassing ook voor NetBSD en OpenBSD. De systeemeisen:De minimale systeemeisen voor een pc die gemiddeld 10 uur per dag aanstaat is een Intel Pentium 2 500Mhz (of vergelijkbaar) met 64mb ram. Zo'n pc zou net alle deadlines moeten kunnen halen. Aangeraden wordt wel om langzame pc's op de zogenaamde "timeless units" projecten te zetten.

Registratie Om deel te nemen aan folding@home is het niet nodig te registreren. Het eenmalig invullen van je gegevens (bij installatie van de client) is voldoende. Vul je een nieuwe naam in, dan ziet stanford dat en wordt er automatisch een nieuwe user geregistreerd. Hier hoef je verder niets voor te doen.

Om te verifieren of je nieuwe subteam goed is ingevoerd, zul je moeten wachten op de statistieken van de dag nadat je je eerste werk (workunit) teruggestuurd hebt naar de server. In deze statistieken zul je dan je subteam's naam terug kunnen vinden.

Install stappenplan

Hier een 'eenvoudige' handleiding hoe je FaH installeert.

Standard Installation - Graphical Client

  1. Download de graphical client van - http://folding.stanford.edu/download.html
  2. Donwload klaar dubbelklik op de installer
  3. Volg de stappen, vergelijkbaar met andere programma's. Bij username gebruik je: [DPC]_FOKschaap0Nickname (later wijzigen bij de configuratie is mogelijk)
  4. Wanneer install klaar wordt het configuratie scherm geopend (deze heeft 4 verschillende tabs)
  5. Enter je nickname en team nummer, voor Dutch Power Cows is dat 92.
  6. Dat was het!! Klik op OK en hij gaat vouwen. Er zou een rood radertje (rechts-onder) in je taskbar te zien  zijn, dit is F@H. Tweemaal klikken geeft het 'Display' window met de prote�ne waaraan hij werkt en diverse andere info.

Als u tweemaal klikt dat een venster zou moeten openen dat de prote�ne toont u aan, de tijd werkt eindigen vouwend die eiwitenz.

You should see a red cog in the taskbar, that is the F@H taskbar icon. If you double click that a window should open that displays the protein you are working on, the time to finish folding that protein etc. 

Stap1 download de client: Download de software van http://folding.stanford.edu/download.html er zijn diverse clients voor elk opperating system, dus let op!
Stap2 start het programma, de 1e 3schermen dienen als welkom/voorwaarden bij het 4e scherm wordt gevraagd een naam op te geven. Om bij het subteam Fokschaap te komen doe je het volgende: [DPC]_Fokschaap0nick
Het 5e scherm vraagt waar het programma geinstalleerd moet worden. Het installeren is klaar, je zal in de statistieken verschijnen zodra er 1 unit af en opgestuurd is. Voor details van je huidige status van de client te zien klik je op rode bloem in je systemtray (meestal rechtsonder in taakbalk).

  1.   Download the console client from here - http://folding.stanford.edu/download.html
  2. Make a directory where you want to store your folding data (such as C:\Program Files\F@H)
  3. Copy the downloaded client to that directory.
  4. OPTIONAL: This is extremely useful if you want to change any parameters later on, and is how I do all of my installs. Create a shortcut to the F@H executable in the same directory and rename it to FAH502-Console configonly.
  5. OPTIONAL: Following on from point 4. Right click the shortcut, choose properties, in the target field you should have (FAH Directory)\FAH502-console.exe Change this to (FAH Directory)\FAH502-console.exe configonly. Ensure that there is a space between the console.exe and the  of configonly. Click apply, then Ok or close.
  6. Double click FAH502-Console.exe. If you created the configonly shortcut click that instead. A screen looking like this should open:
  7. Enter your username (you can see in the above shot that I have entered mine already!) and press enter.
  8. Next thing it asks you for is your team number. Enter 24 and press enter:
  9. It then asks you if you want to run it as a service. I personally feel that running it as a service is better  it means that F@H will be running if no one is logged into the computer. If you want to run it as a service type in yes and press enter, otherwise just press enter.
 10. The next three questions (Ask before sending/receiving work units, Use Internet Explorer settings, Use Proxy) are personal preferences, I usually just press enter for these. If you are folding through a proxy you will have to answer yes to this question, it will ask you for your proxy server, username and password.
 11. The next question is Allow receipt of work assignments and return of work results greater than 5MB in size (such work units may have large memory demands) (no/yes) [no]? Press enter for this for the moment. This question relates to receive work units worth a lot of points, I will explain how to configure this in a later section.
 12. Press enter for the final question Change advanced options
 13. Youre done!! If you decided to run F@H as a service firstly press Ctrl+C to close the console then reboot your computer. If you arent running it as a service you dont need to do this, you may find it a good idea to create a shortcut to the F@H client and place it in your startup directory so that F@H starts every time you log in.

Verdere instelling kunnen aangepast worden in het Folding@Home control panel
systemtray, configure, user, teamnummer -> vul bij teamnummer 92 in voor DPC

Bij advanced kun je instellen hoeveel % van je CPU gebruikt wordt.

Dual en HTT systemen

Folding@Home biedt ondersteuning voor meerdere fysieke of logische cpu's. Dit gaat alleen niet vanzelf. Om hiervan volledig gebruik te maken ben je verplicht tot het runnen van 1 console per fysieke of logische core. Stop de client in een aparte map. Herhaal dit voor elke logische of fysieke cpu die er in jouw systeem zit. Dat komt bijvoorbeeld neer op 2 mappen voor een P4 3.2Ghz en 4 mappen voor een Dual Xeon 2.8Ghz.Nadat de client in alle mappen aanwezig is kan deze worden gestart. Let op! Tijdens de installatie wordt gevraagd om een "MachineID". Dit moet in elke map een ander nummer zijn: 1 t/m 8. Bij een andere pc kan je gewoon weer met een schone lei beginnen.

Installing for big work units

To receive big work units you need to use the advmethods switch and enable receipt of big work units in the client.

Graphical Client

  1. Follow steps 1-5 of Standard Installation  Graphical Client if you havent already. If you have already installed the graphical client follow on from the next step.
  2. Open the F@H configuration, click on the connections tab, you should see this:
  3. Check the line that says Allow receipt of work assignments and return of results greater than 5 MB in size, so that there is a tick next to it. Click ok.
  4. Close the F@H client.
  5. Find the shortcut that opens F@H client for you. If you have performed a default install this will be in your Startup folder (Start->Programs->Startup). Right click the shortcut and open the properties, youll see something like this:
  6. In the target line change C:\Program Files\Folding@Home\WinF@H to C:\Program Files\Folding@Home\WinF@H advmethods
  7. Click apply, then OK
  8. Open the F@H client again, using the shortcut that you just added advmethods to. You are now ready to receive big work units!!!

Console Version

If you have installed the Console version as a service and have installed the optional shortcut:

  1. Follow steps 1-10 of Standard Installation  Console Client.
  2. The next question is Allow receipt of work assignments and return of work results greater than 5MB in size (such work units may have large memory demands) (no/yes) [no]? Type yes, and press enter.
  3. Just press enter for the final question Change advanced options Close the client by pressing Ctrl+C if you are not using the shortcut.
  4. Now you need to do some editing it the registry. You can use regedit (which I have outlined below) or use pks F@H service tool, which can be d/ld here: http://devel.bluetentacle.co.uk/dc/pkfsct/index.htm. All the instructions are there on how to use it.
  5. Steps 5-7: EDITING THE REGISTRY USING REGEDIT: Open up regedit (Start->Run->Type in regedit, press OK. Navigate to the key HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Service\FAH@C:+F@H+FAH502-Console.exe. It will not be exactly the same if you have installed to a different drive, but will be close (you can see that in the screenshot below as I have my F@H installed on my D drive).
  6. Double click the imagepath key. A box will open up as below:
  7. After Console.exe svcstart add advmethods. Ensure that there is a space between svcstart and advmethods.
  8. Click ok, close regedit, reboot your computer, and youre done!!!

If you have installed the console version as a service, but not installed the optional shortcut:

  1. You need to stop the F@H service. Right click My Computer, click Manage, double click Services and Applications, double click Services, and find the F@H service (titled FAH@C:+F@H+FAH502-Console.exe).
  2. Double click the service, click stop, click apply then click ok on the F@H service properties page.
  3. Go to the directory that you installed F@H into. Open up the client.cfg file only use Notepad, Wordpad as a tendency to alter the formatting of the file resulting in a lost of information.  Locate bigpackets=no, and change it to bigpackets=yes. Save and close the file. If bigpackets already =yes then leave it. If you have yet to install the client but want to install it as outlined above (service without shortcut) then answer yes to Allow receipt of work assignments and return of work results greater than 5MB in size (such work units may have large memory demands) (no/yes) [no]?
  4. Follow steps 4-8 in the Advanced Options>Console Version> If you have installed the Console version as a service and have installed the optional shortcut: section.

f you have not installed the console version as a service and not installed the optional shortcut

  1. Close the console by pressing Ctrl+C.
  2. Go to the directory that you installed F@H into. Open up the client.cfg file using Notepad or Wordpad. Locate bigpackets=no, and change it to bigpackets=yes. Save and close the file. If bigpackets already =yes then leave it. If you have yet to install the client but want to install it as outlined above (service without shortcut) then answer yes to Allow receipt of work assignments and return of work results greater than 5MB in size (such work units may have large memory demands) (no/yes) [no]?
  3. Right click the F@H executable that you use to start up F@H, click properties, in the target line you will have \FAH502-Console.exe. Change this to \FAH502-Console.exe advmethods then click apply and OK.
  4. Restart the client.

Monitor progs

Electron Microscope III is een programma voor het monitoren van F@H, maximaal 50 clients. Het geeft details en status van elke client die FAH draait, meer EM3 install help

Problemen? Vragen?

MSN: IRC: irc.tweakers.net #fokschaap of gebruik applet
of vraag op het forum

Links

Stats

F@H DPC site
Marcelloz stats F@H

Stanford all teams stats(updates every hour)
Stanford DPC fast stats (updates every 3 hours)
Stanford DPC stats(updates every hour)
Stanford individual stats(updates every hour)
Extreme all teams stats(updates every 3 hours)

Overig

http://folding.stanford.edu/download.html
http://www.foldingathome.nl
http://fahwiki.net/index.php
http://fahwiki.net/index.php?title=FAQ
http://pr0ner.no-ip.org/dpc/folding.xml
Megaflushen
http://forum.teamcoldfusion.nl/viewtopic.php?t=994#9240

Wiki-pagina's

FOKschaap met FAD info
OP/FOKschaap Openingspost van forum (FAD based)
FADhandleiding Find-a-Drug
FADdict monitor progie voor FAD
FokschaapTBU upload stats voor FAD
RAHhandleiding NEW Rosetta@Home!!