FADhandleiding

Problemen? Vragen?

MSN: fjolle1[at]hotmail.com
IRC: irc.tweakers.net #fokschaap of gebruik applet
of vraag op het forum

Find-a-Drug

Het doel van het FaD project is het vinden van medicijnen tegen verschillende ziekten. Het project richt zich het meest op kanker en HIV. Maar ook andere ziekten als malaria, multiple sclerosis, diabetes, alzheimer of SARS komen aan bod. Door het programma worden er prote�nen geselecteerd die vermoedelijk een rol spelen bij een ziekte. Bijvoorbeeld een prote�ne die zorgt voor een verhoogde aanleg van bloedvaten in een tumor of een prote�ne die celgroei reguleert. Vervolgens worden op deze "targets" ��n voor ��n grote aantallen moleculen "gepast". Dit "passen" vereist veel rekenwerk, en dit is werk dat jouw PC zal uitvoeren als je mee doet. Op deze manier worden uit zo'n 500 miljoen moleculen enkele honderden moleculen geselecteerd die erg hoopvol lijken. Deze moleculen worden dan in het laboratorium getest op het werkelijk uitschakelen van de prote�ne en genezing van de ziekte. Een aantal keren per jaar worden de laboratorium resultaten bekend gemaakt en kunnen de deelnemers zien (bv hier )of zij ��n van de gelukkige vinders zijn van een potentieel geneesmiddel voor bijvoorbeeld kanker of HIV.

Het zoeken gebeurd met een software programma. Die software is zo gemaakt dat het je computer absoluut niet langzamer maakt. Het draait dus geruisloos op de achtergrond en maakt gebruikt van je idle cpu time. Dat het werkt is in ieder geval zeker en dat kun je hier zien. Het National Institute of Health (NIH) en het US National Cancer Institute (NIC) werken eraan mee, het is dus echt �cht :P

Wat doet het programma?

De functie van het programma is het "passen" van moleculen op een prote�ne (target) en als er een verbinding (hit) mogelijk blijkt, het voorspellen van de chemische bindingskracht. Het programma zal eerst jobs moeten inladen, het maakt verbinding met de FaD server en laad enkele molecuul files. Je kunt zelf kiezen aan welk project je wil meewerken. Elk project (kanker, HIV etc) heeft andere prote�ne targets. Elk molecuul file bevat 100 moleculen en van elke van deze worden nog eens ongeveer 100 afgeleiden (conformers) bepaald. Dus elke job (molecuul file) bevat ongeveer 10.000 moleculen. De moleculen zijn zo gerangschikt dat de simpelste moleculen het eerst worden gedaan en de meest complexe als laatste. Daarom zal een job in het begin sneller gaan dan op het eind (nabij de 100%). Als een job de 100% heeft gehaald is deze klaar en wordt deze teruggestuurd naar FaD en krijg je punten voor de tijd die je er in hebt gestoken.
De queue server verzorgt het ophalen, bewaren en terugsturen van de jobs. Het doorrekenen van een job zal beginnen zodra de queue server een job bevat die nog niet klaar is. Als de job klaar is zal hij deze versturen en aan de volgende job in de queue server beginnen. Het is mogelijk om meerdere "reken modules" die op verschillende Pc's draaien aan te sturen met ��n queue server.

Mogelijkheden van de client

Het ontvangen en versturen van jobs: "File->Send" verstuurd jobs die klaar zijn terug naar FaD. "File->Receive" is om nieuwe jobs te ontvangen. Je kunt dan kiezen welke target je wil ontvangen. In de setup bepaal je aan welke projecten je wil meewerken en welke targets je kunt ontvangen. Bij een computer zonder internet verbinding is het toch mogelijk om mee te rekenen. Je moet dan eerst jobs exporteren uit een queue van een computer met een internet verbinding ("File->Export" )en deze op de offline pc importeren ("File->Import"). Als deze jobs dan klaar zijn kun je ze op dezelfde wijze terugbrengen naar de pc met internet en dan naar FaD versturen. Soms duurt het erg lang voordat jobs zijn uitgerekend het kan dan zijn dat je nog niet uitgerekende jobs in je queue hebt staan die andere mensen al hebben doorgerekend. Met "File->purge" kun je die door andere al uitgerekende jobs uit je queue halen. Zo zal je queue server up-to-date zijn en zal het FaD project sneller kunnen werken.

http://people.zeelandnet.nl/emve/schaapje.gif

Wat is een hit?

Er zijn prote�nen geselecteerd die vermoedelijk een rol spelen bij een ziekte. Op deze "targets" worden ��n voor ��n grote aantallen moleculen "gepast" door het programma. Als het "past" noemt men het een hit, hoe meer hits des te groter de kans dat het een medicijn opleverd. In het laboratorium worden de veelbelovende als eerste getest op het werkelijk uitschakelen van de prote�ne en genezing van de ziekte. Ipv gewoon alles in lab testen wat erg veel werk is.

Punten

Voor het uitrekenen van jobs krijg je punten, hoeveel punten is afhankelijk van je processor snelheid en de duur die nodig was om de job uit te rekenen. Het aantal hits heeft dus geen invloed. Punten = Tijd (uur) * gem CPU rating
Een snelle computer heeft een hoge CPU rating en zal sneller een job klaar hebben. Een tragere computer zal een lagere CPU rating hebben maar doordat de job er dan ook langer over doet zal dit voor de punten niet veel uitmaken. De snelheid van de computer is dus niet echt van belang voor het behalen van punten. Je behaalde punten kun je zien op http://fad.qik.nl ook word elke dag de score binnen DPC op het GoT forum gepost kijk daarvoor hier.

Hoelang doet een job erover?

Dit is niet exact te bepalen, het is afhankelijk van de snelheid van je computer maar ook de soort job die je berekend. Over het algemeen zullen jobs die weinig hits opleveren sneller doorgerekend worden dan jobs die erg veel hits opleveren. Het aantal hits die een job oplevert is sterk afhankelijk van de prote�ne target en dus ook het project. Dee laatste percentages van een job gaan ook langzamer dan in het begin van de job, dit komt omdat de complexe moleculen op het eind worden berekend. Als je kijkt op http://fad.tastats.com/show_query_summary.php krijg je een overzicht van de huidige jobs en enkele statistieken. Oa de gemiddelde rekenduur en aantal hits. Je kunt ook handmatig jobs inladen (Think server window bij de queue klik op receive) om zo de lange of net korte jobs binnen te halen. Kijk hier voor de gemiddelde duur van een job gebaseerd op een athlon 1Ghz

Hoe doe ik mee?

Kijk voor de volledige werkwijze naar het Install stappenplan, eenvoudiger kunnen we het niet maken. Als je nog vragen hebt stel ze dan gerust op het forum, dan helpen we je er wel doorheen... of ga naar Fokschaap brainstorm / helpdesk / chatbox kijk op irc.tweakers.net in het #fokschaap kanaal. Dit kan ook via Online IRC Helpdesk applet of voor help via MSN: fjolle1[at]hotmail.com

Install stappenplan

Hier een 'eenvoudige' handleiding hoe je FaD installeerd en hoe je je moet aanmelden bij FOKschaap.

Stap 1: Nickname

1) Kies een nickname
2) Ga naar http://stats.find-a-drug.biz/stats1.php en vul rechtsbovenaan die naam in en zoek of je gekozen naam al bestaat. N.B. deze is hoofdletter ongevoelig, PietjePuk is dus gelijk aan pIETJEpUK! Heb je een juiste naam gevonden dan kun je verder met stap 2A. Voor Linux gebruikers stap 2B!

Stap 2A: Windows install

1) Download de software: http://www.find-a-drug.org.uk/fadv125g.exe
2) Start de installatie, vul je correcte gegevens in.
3) Bij general vul je als teamnummer 2047 in, daarmee join je de Dutch Power Cows. (overkoepelend Nederlands team)
4) Klik op register; Het programma start vanzelf.

Stap 2B: Linux install

1) Download de linux client op: http://www.find-a-drug.org.uk/fadv125g.tgz
2) Pak de tar file uit, bijvoorbeeld door mkdir fadv; cd fadv; tar zxvf ../fadv125g.tgz
3) Vul de correcte gegevens in bij het fadsetup programma, bv ./fadsetup -email jouw@email.com -nickname fokker -country Netherlands -team 2047. Gebruik ./fadsetup -help voor alle mogelijke opties.
4) Fadsetup start 'think' direct op. Je kunt 'think' (opnieuw) starten met het loader programma.
5) Voortgang kun je bekijken door ./server -list.

Stap 3: Wachten

Haal koffie, neem een bad. Of lees dit om te zien wat FaD eigenlijk doet. Dit duurt echt een paar uur tot een paar dagen, afhankelijk van de job waarmee hij bezig is. Lees een tijdschrift of een heel boek. Je moet eerst een hele job afmaken voor je in de statistieken terecht komt en je je verder kunt aanmelden.

Stap 4: Job af?

Je hebt je eerste job af (100%). Het programma stuurt die automatisch op en begint vanzelf aan je volgende job. Zodra je in de statistieken van FaD te vinden bent kun je je gaan aanmelden bij Fokschaap!.

Stap 5: Registreren qik

Registreer je op: http://fad.qik.nl
Dat doe je door in de rechterkolom van de site op "register" te klikken. Volg de aanwijzingen, vul je FaD username in.

Stap 6: Weer wachten

Je krijgt een E-mail met daarin je password. Die mailtjes worden met de hand verstuurd dus het ligt er maar net aan wanneer er iemand naar kijkt. Dit is dus een ander mailtje dan het mailtje dat je van find-a-drug zelf hebt gekregen. Maar wees gerust, je pc rekent hard door en verzamelt puntjes.

Stap 7: Mail ontvangen

Je hebt die e-mail ontvangen.
Login op http://fad.qik.nl
Er is geen knop met daarop 'login' , gewoon een enter geven. Eenmaal ingelogd ga je weer in de rechterkolom naar 'your page' en kun je bij FaD user Sub-team affiliation kiezen voor het [DPC]Fokschaap.

Stap 8: Je wordt toegevoegd

Wachten tot de herder van Fok!schaap je heeft ingevoerd. Je ziet op deze site vanzelf wel een welkom verschijnen.

Laatste opmerking:

Als je FaD ook op andere computers wil installeren of als je een herinstallatie moet doen, let er dan op dat je registratie exact gelijk is aan je eerste installatie. Dus hetzelfde e-mail adres maar ook hoofdletters! Doe je dit niet dan kom je opnieuw in de stats terecht als username;1. Velen denken dat ze dan opeens username;1 op moeten geven maar dat werkt niet, doe je dat wel kom je als 'username:1' (nu met dubbele punt) in de stats. Ga hierom dus niet proberen om je Nickname of e-mail aan te passen.

Sparen voor een Flush:

Als je wil gaan sparen en niet wil dat FaD de job automatisch verstuurt als er een klaar is, dan zet je de FaD setup internetconnection plan op "none". Vervolgens ga je naar de queue en haal je met "receive" HEEEEEL veel jobs binnen. Zorg ervoor dat deze niet leeg raakt want anders flushed FaD automatisch. Om de jobs uiteindelijk te versturen ga je naar het queue window en druk je op send. Het is ook leuk om je upload stats online te zetten, daar is FADdict voor meer uitleg zie FADdict. Je kunt dan zelfs je stats online zetten zoals op FOKschaap live.

Tegengaan van ongewenst flushen:

Allereerst voldoende jobs inladen (bij queue/think server window en klik op receive). Om het ongewenst flushen tegen te gaan kan het bestand 'html.lis' leeg gemaakt worden. In dat bestand staan 3 linkjes naar de FaD servers. Hierdoor is het ook niet mogelijk om jobs te versturen maar ook om jobs binnen te halen. Bewaar de 3 server links (voor het inladen van jobs moet je de link http://www.treweren.com terugplaatsen) en plaats ze terug in het bestand wanneer er weer jobs ingeladen of jobs geflushed moeten worden.

FADdict

FADdict is een klein programma waarmee je je punten kunt bijhouden, ook van de nog niet geuploade jobs. Ook geeft het een estimate finish time van de huidige job en het aantal hits die je jobs hebben opgeleverd. Wat ook mogelijk is, is het niet direct versturen van de jobs maar ze opsparen en zo een leuke flush te doen (om bijvoorbeeld nr 1 in de daily terecht te komen). Als je ook wil sparen (of zelfs Megaflushen) kijk dan in de FADhandleiding hoe je je instellingen moet zetten. Als je eenmaal aan het paren bent is het mogelijk om je upload stats op een website te zetten. Kijk bij FADdict voor meer info en installatie uitleg. Enkele schaapjes hebben hun uploadstats online staan dat kun je zien bij FokschaapTBU maar ook op http://live.fokschaap.nl

Linkjes

FaDProject site van Find a Drug
Check for Milestones; certificates check page
FAQ van DPC over FaD project
Project pagina DPC Dutch Power Cows
Fokschaapje info page

Score pagina's:

[http://www.find-a-drug.org/home1.html Offici�le FaD] Statspagina van Find a Drug
Fad.qik.nl Score pagina; van DukeBox
fad.qik.nl/hits Aantal Hits
fad.qik.nl/hours.php Uur rekentijd
fadstats Un-Official Find a Drug Team Stats
fok.gromba FOKschaap gromba stats
fad.tastats Stats page by TA_GeoffS of Team AnandTech!
Forum(GoT) voor Distributed Computing; een dagelijks score overzicht

Programma's:

FADdictprogramma; hoelang duurt de job? en geeft aantal punten
FADdict wiki uitleg
Update FADdictversie 0.0.8.1.3
Check versie de laatste versie van FADdict
FADSpyprogramma; meer stats, grafieken en diagrammen, voor de echte stats freak!

Upload Stats:

(FOKschaap LIVE!) upload-stats van FADdict div users

Gemiddelde duur van een job:

fad.tastats query; geeft gemiddelde duur van een job (handig voor uitzoeken van korte cq lange jobs)
fadstats querylist geeft gemiddelde duur van een job voor een Athlon 1Ghz

IRC #fokschaap:

IRC channel via applet
IRC stats stats van #fokschaap

History

1e frontpagebegin Stampede 4

30 juni statseind Stampede stats
Einde Stampede 4 DPCGoT pag

Door de FOKvakantieflush een plekje in de Megaflush top 5 en wel op plaats 1:
[DPC] Fokschaap (2005-08-15) 3.163.323 points

Wiki-pagina's

OP/FOKschaap
FADhandleiding
FADdict
FokschaapTBU

FAHhandleiding NEW Folding@Home!!
RAHhandleiding Rosetta@Home!!