FOKschaap

Wat is FOKschaap?
Enkele FOK!kers hebben zich verenigd in [DPC]FOKschaap dit is een subteam van de Dutch Power Cows (DPC). Dat is een overkoepelend Nederlands team waarvan de leden hun idle cpu time inzetten voor een goed doel, dat doen ze met behulp van het zogenaamde "distributed computing". Meer uitleg hierover kijk hier. Een van de projecten waaraan ze meedoen is Find-a-Drug (FaD). Het doel van het FaD project is het vinden van medicijnen tegen verschillende ziekten. Het project richt zich het meest op kanker en HIV. Maar ook andere ziekten als malaria, multiple sclerosis, diabetes, alzheimer of SARS komen aan bod. FOK!kers hebben zich verenigd in [DPC]FOKschaap om ook hun computer in te zetten voor Find-a-Drug en zo te helpen met het zoeken van een medicijn. Het zoeken gebeurd met een software programma. Die software is zo gemaakt dat het je computer absoluut niet langzamer maakt. Het draait dus geruisloos op de achtergrond en maakt gebruikt van je idle CPU time.

Hoe doe ik mee?
Kijk voor de volledige werkwijze naar de FADhandleiding, eenvoudiger kunnen we het niet maken. Als je nog vragen hebt stel ze dan gerust op het forum, dan helpen we je er wel doorheen... En anders ga naar het Fokschaap brainstorm / helpdesk / chatbox kijk op irc.tweakers.net in het #fokschaap kanaal. Kan ook via Online IRC Helpdesk.

Wat doet het programma precies?
Door het programma worden er prote�nen geselecteerd die vermoedelijk een rol spelen bij een ziekte. Bijvoorbeeld een prote�ne die zorgt voor een verhoogde aanleg van bloedvaten in een tumor of een prote�ne die celgroei reguleert. Vervolgens worden op deze "targets" ��n voor ��n grote aantallen moleculen "gepast". Dit "passen" vereist veel rekenwerk, en dit is werk dat jouw PC zal uitvoeren als je mee doet. Op deze manier worden uit zo'n 500 miljoen moleculen enkele honderden moleculen geselecteerd die erg hoopvol lijken. Deze moleculen worden dan in het laboratorium getest op het werkelijk uitschakelen van de prote�ne en genezing van de ziekte. Een aantal keren per jaar worden de laboratorium resultaten bekend gemaakt en kunnen de deelnemers zien (bv hier )of zij ��n van de gelukkige vinders zijn van een potentieel geneesmiddel voor bijvoorbeeld kanker of HIV.

Wat is een hit?
Er zijn prote�nen geselecteerd die vermoedelijk een rol spelen bij een ziekte. Op deze "targets" worden ��n voor ��n grote aantallen moleculen "gepast" door het programma. Als het "past" noemt men het een hit, hoe meer hits des te groter de kans dat het een medicijn opleverd. In het laboratorium worden de veelbelovende als eerste getest op het werkelijk uitschakelen van de prote�ne en genezing van de ziekte. Ipv gewoon alles in lab testen wat erg veel werk is.

Punten
Voor het uitrekenen van jobs krijg je punten, hoeveel is afhankelijk van je computer en de duur van uitrekenen:
Punten = Tijd (uur) * gem CPU rating
Een snelle computer heeft een hoge CPU rating en zal sneller een job klaar hebben. Een tragere computer zal een lagere CPU rating hebben maar doordat de job er dan ook langer over doet zal dit voor de punten niet veel uitmaken. De snelheid van de computer is dus niet echt van belang voor het behalen van punten. Je behaalde punten kun je zien op http://fad.qik.nl ook word elke dag de score binnen DPC op het GoT forum gepost kijk daarvoor hier.

Hoelang doet een job erover?
Dit is niet exact te bepalen, het afhankelijk van de snelheid van je computer maar ook de soort job die je berekend. Een job die veel hits opleverd zal er ook langer overdoen dan een job met heel weinig hits. Ook is het zo dat de laatste percentages van een jobs langzamer gaan dan in het begin van de job. Als je kijkt op http://fad.tastats.com/show_query_summary.php krijg je een overzicht van de huidige jobs en enkele statistieken. Oa de gemiddelde rekenduur en aantal hits. Je kunt ook handmatig jobs inladen (Think server window bij de queue klik op receive) om zo de lange of net korte jobs binnen te halen. Kijk hier voor de gemiddelde duur van een job gebaseerd op een athlon 1Ghz

FADdict
FADdict is een klein programma waarmee je je punten kunt bijhouden, ook van de nog niet geuploade jobs. Ook geeft het een estimate finish time van de huidige job en het aantal hits die je jobs hebben opgeleverd. Wat ook mogelijk is, is het niet direct versturen van de jobs maar ze opsparen en zo een leuke flush te doen (om bijvoorbeeld nr 1 in de daily terecht te komen). Als je ook wil sparen kijk dan in de FADhandleiding hoe je je instellingen moet zetten. Als je eenmaal aan het paren bent is het mogelijk om je upload stats op een website te zetten. Kijk bij FADdict voor meer info en installatie uitleg. Enkele schaapjes hebben hun uploadstats online staan dat kun je zien bij FokschaapTBU maar ook op http://live.fokschaap.nl

Forum topics:
Topic 1 Topic 2 Topic 3 Topic 4 Topic 5 Topic 6 Topic 7 Topic 8
Topic 9 Topic 10 Topic 11 Topic 12 Topic 13 Topic 14 Topic15 Topic16

De OP van het fok! forum en instructies voor een nieuw te openen topic staat op OP/FOKschaap

Enkele handige linkjes

wiki-pagina's: OP/FOKschaap || FADhandleiding || FADdict || FokschaapTBU

FaD homepage van Find a Drug || FAQ van het project van DPC || Project pagina DPC Dutch Power Cows

Forum(GoT) Forum op GoT voor Distributed Computing voor; dagelijk score overzicht
fadstats stats page || fad.tastats stats page

---

Score pagina:
Fad.qik.nl Score pagina; van DukeBox
fad.qik.nl/hits Aantal Hits
fad.qik.nl/hours.php Uur rekentijd

---

Programma's:
FADdictprogramma; hoelang duurt de job? en geeft aantal punten Update v0.0.8.1.3
(of check hier voor de nieuwste versie van FADdict)
FADSpyprogramma; meer stats, grafieken en diagrammen, voor de echte stats freak!

---

Gemiddelde duur van een job
fad.tastats; geeft gemiddelde duur van een job (handig voor uitzoeken van korte cq lange jobs)
Fadstats querylist Geeft gemiddelde duur van een job voor een Athlon 1Ghz

---

Stats:
fadstats; geeft oa schatting v.h. aantal cpu's
fok.gromba FOKschaap gromba statsFokschaapje info page
(FOKschaap LIVE!) upload-stats van FADdict div users

---

Pics enzo: zwaaischaap || paars schaap || blanco schaap